丘处机在隐修期间的第二次下山，是在龙门隐修的第二年。
1181年，朝廷下令要把没有正式度牒的道士遣返还乡，即是说，没有国家颁发的道士从业上岗证的人，不能待在寺庙宫观里出家，必须回家种地去，此举是为了收缴寺观建筑归国有改其建制，增加劳动力和赋税等。全真教的道士们一心全在修道学习上，没有一个有上岗证的。按法令而言马钰应当立刻启程回家，但是他却等到了1182年春，才启程返乡，而他迟迟不动身回乡的原因之一就是为了等待丘处机。
法令颁布之时丘处机正在龙门隐修，也被算在返乡之列，为此事他特地离开龙门来到终南祖庭与马钰商讨日后该何去何从。马钰也对自己的门人说：我应当是回山东老家去，虽然我列在被遣回的名单当中，但是我不能走，一旦我回去了，那么陕西中原这里的道教全真就该终结了。于是召唤丘处机下山一直等到他的到来。
后来在大家的努力下联合当地官员民众一起上访，终于保留了丘处机留在原地继续修道不必回家的特殊待遇。马钰同时还想让丘处机领导全真道，但由于丘处机当时道业未成，所以没有答应，没办法，最后全真道便交给了马钰的弟子们代为掌管。无论如何，马钰见丘等人不会被遣散了，才最终安心下来，了无挂碍的回乡。
马钰在临走前曾经将满腔厚望寄托丘处机，对他说：“吾殁之后，教门大兴，四方往往化为道乡，公正当其时也。住持大宫观，皆敕赐名额，仍有使者佩符乘传，此时乃功成名遂归休之时也。”这才在春季万物萌生之际，以悟死之身，顺应天命，东归故乡。看着马钰年迈体衰抱病羸弱的出关而行，丘处机身负着马钰的期盼回到了龙门山继续隐修。
然而，马钰和丘处机谁不知道，这是他们的最后一次会面。
终于跋涉归乡的马钰俨然已成为一代宗师，受到山东故里的相亲们的夹道欢迎，如落日前最后余晖，焕发出美丽的光彩。他靠自己高深的道行令民众信服，所到之处激起狂热的修道信道热潮。而就在这一年冬季12月28日，马钰忽然歌舞自娱起来，似乎有非同寻常之喜，第二天，便传来孙不二归天的音讯。
半年后，马钰在文山城传道，有位王道士抱琴来访，马钰提笔写就传唱后世的著名《归山操》，以示归真之意。不久之后便是王重阳的诞辰，庆祝典礼之后马钰和弟子们一直谈话谈到二更天，忽然风雨大作，勉励弟子的一席话刚刚说完，便端坐而逝。1183年12月22日，享年61岁。
而此时，丘处机依然在龙门山不问世事，闭思苦修当中。
1186年，丘处机终于开悟，道成正果。他自1167年九月拜师王重阳开始，到1186年成功了道，屈指一算整整十九年。随后即被祖庭门人邀请下山，于1187年正式结束磻溪六年龙门七年的苦修求道生活，回到终南祖庭掌管全真道。亲自教导徒下门人，在道业上没有丝毫疑障，通透了然。
当时《归山操》此琴曲由于言语飘逸，早已在人们之间争相传诵开来，但却始终没人能够理解此曲真正含义，只有丘处机理解了马钰此作真意。
在王重阳的诸弟子中，马钰的悟道最深也最快，丘处机在比较两人悟道的异同之时说他与马钰悟道有浅有深，所以得道的时间有迟有速。马钰悟死，所以得道迅速，仅需三年。丘处机参悟的方面是万有皆虚幻，所以得道迟，足足用了十七八年。他说：“悟死者，当下以死自处，谓如强梁。人既至于死，又岂复有强梁哉。悟虚幻，则未至于死，犹有经营为作，是差迟也（指因此差别，而悟道迟）”。
丘处机说马钰：“以悟生死而了道速，当观此身如一死囚，牵挽入市，步步近死，以死为念事事割弃，虽有声色景物纷华，周匝围绕，目无所见，耳无所闻，念念尽忘，此身亦舍，何况其他？以此炼心，故见功疾”。因此他是真正读懂了马钰的《归山操》，也真正读懂了马钰。
后来马钰的门人弟子收集他的诗词道法著作出书刊印时，唯独把这篇《归山操》遗漏了，丘处机怕此名篇久而久之被人遗忘湮没，于是亲笔抄写了好多份，见人就送，志在广传，后来甚至专门为此琴曲专门立碑，石碑设立在潍县玉清宫，碑额处题写：昆嵛山马真人琴曲归山操碑。下面是马钰所作《归山操》全篇，琴曲内容笔迹全部为丘处机所书。
陈垣在撰写《道家金石略》里记录，当时朝廷甚至参与辅助丘处机立碑，并评价说：非丹阳渊识不能阐玄元之微言，非长春远图不能广丹阳之妙旨，铭之金石，可谓尽美尽善矣。
1127年7月，80岁的丘处机对他的弟子们说：“昔日马钰曾经嘱托我‘吾殁之后，教门大兴，四方往往化为道乡，公正当其时也。住持大宫观，皆敕赐名额，仍有使者佩符乘传，此时乃功成名遂归休之时也’。如今，马钰之言一一都已实现，吾归无遗恨矣。”
四日后，丘处机留下“狂辞落笔成尘垢，寄在时人妄听间”的辞世诗，随后，栩然蝶化。
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归山操
能无为兮，无不为。能无知兮，无不知。
知此道兮，谁不为。为此道兮，谁复知。
风萧萧兮，木叶飞。声嗷嗷兮，雁南归。
嗟人世兮，日月催。老欲死兮，犹贪痴。
伤人世兮，魂欲飞。嗟人世兮，心欲摧。
难可了兮，人间非。指青山兮，当早归。
青山夜兮，明月飞。青山晓兮，明月归。
饥餐霞兮，渴饮溪。与世隔兮，人不知。
无乎知兮，无乎为。此心灭兮，那复为。
天庭忽有双华飞。登三宫兮，游紫微。
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考证癖结束，全文完。
